Selepas perang, Nishimura dituduh melakukan jenayah perang semasa Pembunuhan beramai--ramai Sook Ching dan dibicarakan oleh sebuah tribunal Tentera British. Dia didapati bersalah dan dikenakan hukuman penjara seumur hidup dan menjalani hukuman penjara selama 4 tahun. Dalam perjalanan pulang ke Jepun, Nishimura diambil secara paksa dari kapal di Hong Kong oleh anggota Polis Tentera Australia dan dituduh atas jenayah Pembunuhan beramai-ramai di Parit Sulong. Dia dibawa ke Pulau Manus dan dibicarakan oleh Mahkamah Tentera Australia. Bahan bukti ditunjukkan untuk membuktikan bahawa Nishimura telah memberikan arahan supaya askar-askar yang tercedera (dan menjadi tawan) itu dibunuh dan mayat mereka dimusnahkan untuk tidak meninggalkan bukti pembunuhan. Nishimura didapati bersalah dan dikenakan hukuman gantung sampai mati. Hukuman dijalankan pada 11 Jun 1951.